睡眠障害は単一の疾患ではなく、睡眠障害国際分類（ICSD-3）によると合計64の診断名があります。睡眠障害の主な原因として、痛みやしびれ等の身体症状による身体的原因、降圧剤・甲状腺製剤・抗がん剤等の服用する薬などによる薬理学的要因、体温調節がうまくいかない等の生理学的要因、精神疾患による精神医学的要因、不眠に対して過度に反応する等の心理学的要因が考えられています。
そのため、睡眠クリニック等では、原因特定の難しさはありますが、推測される原因を一つずつ確認していく除外診断が用いられています。そして、その原因が特定されれば、その病態に応じた適切な治療が期待できます。
睡眠障害で多くの割合を占める不眠症については、薬物療法と非薬物的アプローチを組み合わせた治療が行われています。薬物療法は睡眠薬が主ですが、従来からある脳の活動全般を抑える薬だけでなく、不眠の原因と考えられる体内物質の分泌や伝達を調整する薬（メラトニン受容体作動薬・オレキシン受容体拮抗薬）も出てきています。
非薬物的アプローチとしては、睡眠習慣や寝室環境の改善などをはかる睡眠衛生指導や不眠の心理的要素に焦点を当てた認知行動療法があります。
